El menú Setup permite realizar tres operaciones básicas: navegar a través de los directorios, manipular información de log y especificar las operaciones difusas a utilizar.

Al iniciarse, Xfuzzy intentará cargar la definición de operaciones difusas desde:

Cualquier fichero identificado mediante la opción -O en la línea de comandos.

Un fichero denominado .xfcops localizado en el directorio de login del usuario.

El fichero global de operaciones definido durante la instalación de la herramienta.

Si no se encuentra ninguno de los ficheros anteriores, el entorno proporciona un conjunto mínimo de operaciones por defecto. El item Fuzzy Operations permite al usuario ver las operaciones definidas actualmente en el entorno, modificarlas editando el fichero de definición o cargar un nuevo fichero.